目前世界各國水處理實踐中普遍存在于藻類問題，藻類含量高時會影響混凝和沉淀，增加混凝劑量；堵塞濾池，縮短濾池過濾周期；致臭并產生藻毒素，和氯作用形成氯化消毒副產物，降低飲用水安全性。
小型臭氧發生器處理作用之一是溶裂藻細胞，二是殺藻，使死亡的藻類易于被后續工藝去除。臭氧發生器可作為除藻的一種預處理方法，它和常規處理及其它技術配合使用是處理富營養化水源水藻類問題的有效途徑之一。藻毒素正成為藻類污染問題的另一重點，在一定條件下臭氧發生器可有效去除某些藻毒素，具體去除率主要取決于臭氧發生器投加量，其次取決于原水水質(藻毒素類型、有機物性質及濃度、堿度等)。
在使用小型臭氧發生器測試結果表明，利用臭氧發生器處理30分鐘含40－50萬個/ml單胞藻及原生動物的海水以后，再用顯微鏡觀察發現其所有的原生動植物呈爆炸性死亡，把經過水處理臭氧發生器處理的海水繼續培養兩個星期以后檢驗測試仍未發現任何生物，且水質清澈透明，取赤潮海水進行30分鐘臭氧處理后紅色赤潮海水被氧化變為白色透明，水中夜光蟲全部被殺死且呈粉碎狀。
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